疏水作用介質:

疏水作用層析是根據分子表面疏水性差別來分離蛋白質或多肽等生物大分子的一種較為常用的方法。選擇疏水作用層析介質的關鍵在于選擇合適的疏水強弱的配基，若蛋白質的疏水性較強就選擇較弱的疏水介質，反之亦然，為了增強蛋白質和疏水介質的結合需要再緩沖液中加入一定量的鹽（通常是硫酸銨）。若蛋白質本身的疏水性質較強，就不需要加太多的鹽，為了提高分辨率可以選擇顆粒較小的疏水作用介質。

影響疏水作用的因素:

(1)鹽種類及濃度

組成緩沖液中鹽的某些離子對蛋白質的構象有穩定作用，如SO42-可提高蛋白質結構的穩定性，是蛋白的溶解度下降，對蛋白有鹽析效應，使蛋白同配基間疏水作用增強。還有些離子對于蛋白質構象具有不穩定作用，如Cl-、Ca2+可增加蛋白質的溶解度，這類例子洗脫能力較強。鹽析和鹽溶的特性可作為選擇疏水介質平衡和洗脫條件的依據。

(1)溫度

疏水層析過程中，溫度升高，生物大分子的構象發生變化，疏水作用增強，有利于提高層析柱額分離度，但對生物活性物質來說，高溫條件會使其變性失活，因此疏水層析通常在常溫或低溫進行，建議在恒溫條件下進行疏水層析，避免溫度的變化對于層析結果的影響。

(1)pH

疏水層析流動相的pH通常為中性的磷酸鹽緩沖液。蛋白質同疏水基團的作用力隨pH升高而降低，因為蛋白質的酸性基團隨pH升高所帶電荷逐漸增多，親水性增強。但在疏水層析中通常不采用改變溶液的pH來改變蛋白質的疏水性。